第二軍醫(yī)大學(xué)研究生院是全軍三所研究生院之一。第二軍醫(yī)大學(xué)是國家首批博士、碩士學(xué)位授權(quán)單位和首批在職人員申請碩士、博士學(xué)位單位和放權(quán)免檢單位，也是國家首批臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)位博士、碩士兩級授權(quán)試點單位。
　　第二軍醫(yī)大學(xué)非全日制研究生招收理學(xué)、工學(xué)、醫(yī)學(xué)、管理學(xué)等四個學(xué)科門類的學(xué)術(shù)學(xué)位碩士研究生和應(yīng)用心理碩士、臨床醫(yī)學(xué)碩士、口腔醫(yī)學(xué)碩士、公共衛(wèi)生碩士、護理碩士、藥學(xué)碩士、中藥學(xué)碩士、軍事碩士、公共管理碩士等九個類別的非全日制研究生專業(yè)學(xué)位碩士研究生，并接收地方高校優(yōu)秀應(yīng)屆本科生推薦免試攻讀碩士學(xué)位研究生。已建立法學(xué)、教育學(xué)、文學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、醫(yī)學(xué)、管理學(xué)7個學(xué)位門類的研究生培養(yǎng)體系，博士學(xué)位授權(quán)一級學(xué)科6個，博士學(xué)位授權(quán)二、三級學(xué)科61個；碩士學(xué)位授權(quán)二、三級學(xué)科78個，碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點3個（MPH、臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)），博士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點1個（臨床醫(yī)學(xué)）。
　　招收的碩士研究生分學(xué)術(shù)學(xué)位和專業(yè)學(xué)位兩種，學(xué)術(shù)學(xué)位碩士研究生，非全日制研究生以培養(yǎng)從事基礎(chǔ)理論或應(yīng)用基礎(chǔ)理論研究人員為目標，側(cè)重于學(xué)術(shù)理論水平和實驗研究能力的培養(yǎng)，學(xué)生畢業(yè)時授予相應(yīng)學(xué)科門類的學(xué)術(shù)型學(xué)位；專業(yè)學(xué)位碩士研究生，以培養(yǎng)高級應(yīng)用型人才為目標，側(cè)重于從事實踐工作能力的培養(yǎng)，學(xué)生畢業(yè)時授予專業(yè)學(xué)位。
　　第二軍醫(yī)大學(xué)研究生院始終堅持以科學(xué)發(fā)展觀為統(tǒng)領(lǐng)，以國家研究生教育“24字”基本方針為指導(dǎo)，以新時期軍隊高層次人才建設(shè)發(fā)展戰(zhàn)略和學(xué)校建設(shè)國際知名高水平研究型軍醫(yī)大學(xué)奮斗目標為總要求，不斷解放思想，開拓創(chuàng)新，大力加強研究生教育制度機制創(chuàng)新，穩(wěn)步推進研究生教育的規(guī)模、結(jié)構(gòu)、質(zhì)量、效益協(xié)調(diào)可持續(xù)發(fā)展，研究生教育步入了規(guī)范化的良性發(fā)展軌道。學(xué)校擁有一支結(jié)構(gòu)合理、素質(zhì)優(yōu)良、充滿活力的師資隊伍，現(xiàn)有碩士生導(dǎo)師414名、博士生導(dǎo)師184名，其中，中國科學(xué)院院士2名，中國工程院院士2名，國務(wù)院學(xué)位委員會學(xué)科評議組成員4名。國家重點學(xué)科26個，國家臨床藥理基地2個，“長江學(xué)者計劃”特聘教授崗位設(shè)置學(xué)科7個，上海市重點學(xué)科7個，上海市臨床醫(yī)學(xué)中心4個，博士后流動站6個。
　　建校以來，先后招收研究生8113名，其中博士生2397名，碩士生5716名；共授予學(xué)位5449名，其中博士學(xué)位1816名，碩士學(xué)位3633名。目前，在校研究生2000余名。獲得“全國百篇優(yōu)秀博士學(xué)位論文”10篇，位居全國醫(yī)科院校和全軍院校第一；優(yōu)秀碩士論文10篇；上海市優(yōu)秀博士論文29篇，優(yōu)秀碩士論文7篇；入選“國家研究生教學(xué)用書”3部；臨床醫(yī)學(xué)博士后流動站評為“全國優(yōu)秀流動站”。