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第三軍醫(yī)大學(xué)招收碩士研究生分為學(xué)術(shù)學(xué)位和非全日制研究生專業(yè)學(xué)位兩類，其中專業(yè)學(xué)位碩士招生學(xué)科專業(yè)為臨床醫(yī)學(xué)碩士、口腔醫(yī)學(xué)碩士、藥學(xué)碩士、護(hù)理碩士、公共衛(wèi)生碩士、應(yīng)用心理碩士、工程碩士、軍事碩士，培養(yǎng)高級臨床醫(yī)師、口腔醫(yī)師、藥師、護(hù)師等應(yīng)用型人才為目標(biāo)，側(cè)重于臨床實(shí)際工作能力的培養(yǎng)。

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