西安交通大學醫(yī)學部前身是國立北京醫(yī)學專門學校，醫(yī)學部擁有基礎(chǔ)醫(yī)學院、第一臨床醫(yī)學院（第一附屬醫(yī)院）、第二臨床醫(yī)學院（第二附屬醫(yī)院）、口腔醫(yī)學院（附屬口腔醫(yī)院）、公共衛(wèi)生學院、藥學院、法醫(yī)學院、護理學系8個教學實體單位；設(shè)立轉(zhuǎn)化醫(yī)學研究院、Med-X研究院、藥物科學與技術(shù)研究院、生物證據(jù)研究院、全球健康研究院、精準醫(yī)療研究院等6個研究院；建有實驗動物中心、生物醫(yī)學實驗研究中心等教學科研機構(gòu)。

醫(yī)學部現(xiàn)有生物學、基礎(chǔ)醫(yī)學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學、藥學、口腔、護理學7個一級學科博士學位授權(quán)點，2個博士專業(yè)學位授權(quán)點；8個一級學科碩士學位授權(quán)點，6個碩士專業(yè)學位授權(quán)點。有6個一級學科博士后科研流動站，擁有4個國家重點學科（生理學、法醫(yī)學、泌尿外科和皮膚病與性病學），24個國家臨床重點�？�，2個國家級疑難病癥診治能力提升工程項目（呼吸系統(tǒng)疾病和心腦血管疾病），12個省級重點學科，12個省級優(yōu)勢學科。擁有13門國家級一流本科課程，53門國家、省、校級“精品課程”，3門國家級和省級雙語示范課程，5個國家和省級優(yōu)秀教學團隊。臨床醫(yī)學、藥理與毒理學、生物與生物化學、神經(jīng)科學與行為學、分子生物學與遺傳學等5個學科進入ESI全球前1%行列。

醫(yī)學部開設(shè)有臨床醫(yī)學（五年制、5+3一體化、侯宗濂醫(yī)學實驗班及留學生）、口腔醫(yī)學（五年制、留學生）、預防醫(yī)學（五年制）、法醫(yī)學（五年制）、基礎(chǔ)醫(yī)學（五年制）、護理學、藥學、制藥工程、臨床藥學等專業(yè)，臨床醫(yī)學專業(yè)獲批首批國家級一流專業(yè)建設(shè)點，口腔醫(yī)學、法醫(yī)學、護理學專業(yè)獲批首批省級一流專業(yè)建設(shè)點。